Hace treinta años un extraño fenómeno llamado Terremoto espacial devastó el centro de Eurasia, llevándose consigo la vida de al menos 150 millones de personas. Desde entonces, pequeños terremotos espaciales se han ido manifestando alrededor del mundo. Shido Itsuka, un estudiante de secundaria aparentemente normal se encuentra con una chica en el epicentro de un terremoto espacial y es informado por su hermana Kotori que esta chica es uno de los espíritus que causan los terremotos espaciales cuando estos aparecen en el mundo. También se entera que su hermana es la capitana de la nave Ratatoskr y quien lo recluta para hacer uso de su misteriosa habilidad para sellar los poderes de los espíritus y evitar que se vuelvan una amenaza para la humanidad. Sin embargo, hay un inconveniente: para sellar un Espíritu, debe hacer que se enamore de él.